真空爐故障往往是由于冷卻系統的問題，冷卻系統是真空爐的重要組成部分。冷卻水路應保持通暢，否則水溫升高導致停機。這是真空爐工作中經常忽略的問題。當沒有人管理時，可能會對真空爐造成重大損壞。

用生物分解化學輔助方法處理冷卻水的目的是保持礦物質懸浮，減少橡膠管、蛇形管和水套中沉淀物的積累，使水流暢。一般采用自動裝置，可監測水的導電性，自動補充化學物質，沖洗水路，添加新鮮水。這種方法還可以保證水的pH值控制，防止冷卻水系統中多余的礦物質沉積。系統穩定工作后，水質試驗應至少每月進行一次，以防止過度處理或過度處理。

真空爐外殼和換熱器材料的測試樣品也應放入水路系統中，每年檢查一次重量損失，以檢查處理效果。特別注意擴散泵的蛇形管冷卻器。應經常檢查。如果堵塞，擴散泵會過熱，失去功能，進一步導致擴散泵加熱器燒毀，造成昂貴費時的維修。蛇形冷卻水管堵塞時，將水路與水源斷開，用壓縮空氣吹干或用稀醋酸溶液沖洗。